1948年度に新制大学が発足し、旧制大学と併存しながら、新学制の教育は漸次充実していった。発足当初、1年間は教養部制を試行したが、その後教養課程も各学部が責任をもつ現在の縦割り制が始まった。1950(昭和25)年3月には新制第1回の卒業生と旧制最後の卒業生を同時に送り出している。

戦後、1946(昭和21)年に経済学部として再発足した旧商経学部は、新制度においても経済学部としてスタートしたが、1951年度に経済学部から商学部が分離し、教員が両学部に分けられたのに加えて200人の学生が新学部に移った。また、戦争中に廃止された専門学校の神学部は、1947年度から文学部宗教学専攻を神学科と改め旧制大学として再建され、新制大学でもそのまま引き継がれ、1952年度に大学院をもつ神学部として独立した。

新制大学の一環として、新制大学院制度も発足し、1950年度に修士課程が、54年度には博士課程が神学・文学・法学・経済学研究科として設立され、教育と研究の機関として完成することになった。1950(昭和25)年には旧制学位授与の資格が認められ、経済学部池内信行教授に最初の博士号が授与されており、現在(1989年3月)まで旧制50人、新制190人が博士号を取得している。

文学部では、新制大学発足の際、従来の伝統を受け継いで哲学・神学・心理学・教育学・社会学・国文学(のちに日本文学と改称)・英文学の7学科をもって出発したが、その後史学科(1951年)・美学科・社会事業科(1952年)が増設された。

旧制大学においても1946(昭和21)年卒業の浜口みづらを第1号として少数の女子学生が在籍したが、新制大学になって男女共学が定着した。