大学開設後も、神学部・文学部・高等商業学部を有する専門学校令による専門部は存続したが、高等商業学部と文学部の修業年限4年が大学の5年（予科2年、学部3年）に対して1年の差しかなく、大学と並立のきらいがあったので、両学部は修業年限を3年に改めて専門学校の特色を活かすことになった。4年制専門部が充実発展して大学を生み、その結果また新しく3年制専門部ができたと見ることができる。
　 専門部を卒業後大学に進む学生も多く、また大学の両学部長がそれぞれ専門部の両部長を兼任し、教授陣の兼任も多かったので、大学と専門部の併設に問題もあったが、他方両社が助け合って各々の特色を発揮することができた面もあった。
　 一方、修業年限が5年制（余暇2年、本科3年）であった神学部を大学に入れる考え方もあったが、伝道者養成というこの部特有の性格から、実際的訓練を含む専門学校として神学教育を行う方針がとられ、実質的に大学と等しい学制を専門部で持続した。他方大学の宗教学専攻は、神学系科目と宗教学系科目の両方を教授した。
　 専門部の一部であった高等商業学部は学生定員の増加を図るため、1935（昭和10）年に名称を高等商業学校と改めて独立の専門学校となり、専門部は神学部と文学部の二つで構成されることになった。文学部は同じ年に哲学科を廃し、英文学科と社会学科の2科になった。